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DNAT1
- 生成模拟基因组数据文件的程序。比通常的方法更好生成随机数的方法。结果记录到磁盘文件；本程序是用于比较人类基因组与随机产生的模拟基因序列的信息冗余度。
afm
- 功能: 得到x[0..len-1]字串的计数存放的地址 分析一个基因组的程序
GSP: genome size predictor
- 一个 预测基因组大小的开源软件
CAUSA
- CAUSA: 基于密码子-氨基酸联合序列比对构建高精确度分子进化树 生物信息学、基因组学（包括功能基因组学和比较基因组学）的主要目的是研究生物基因、蛋白和基因组的结构和功能，并重构生物基因、蛋白和基因组的进化历史。多序列比对（multiple sequence alignment, MSA)是DNA和蛋白质分子进化分析、以及结构与功能研究的基本工具。目前多序列比对已经有很多方法，如clustalw, MUSCLE, MAFFT, T-Coffee, PRANK，等等，但序列比对依然容易产生系统性
soap_all_hit_all_output_gff3new
- 将二代高通量测序数据通过soap映射到基因组获得所有映射位点，此脚本解析映射数据，输出GFF3格式。-Will the second generation high-throughput sequencing data obtained by soap mapped to genome mapping sites, this scr ipt all analytical mapping data, output GFF3 format.
Community
- 宏基因组分类程序，专门针对测序深度比较浅的情况，而且短串的分类-Metagenomic binning
Euler-Algorithm-program-CPP
- 详细说明：基因组组装算法 欧拉算法C++源程序：很好的实现基因组组装和拼接的功能，包含实现该功能的所有程序。-Genome assembly algorithms calculate Euler C++ source: well implemented genome assembly and stitching functions, including all procedures to achieve this functionality.
test
- 下载一个基因组序列文件；自己编程生成一个随机的基因组序列。 一般序列文件都是以FASTA格式保存。 -Download a genome sequence files own program to generate a random genomic sequence. General sequence files are saved in FASTA format.
遗传算法——旅行商问题mfc
- 旅行商问题：一个旅行者要去很多城市，每个城市只去一次，问：该怎么走路线最短？ ? ?????? 这个问题可以转化为：随机给n个点，如何连线这n个点，使得连线最短？ ? ?????? 这个问题是遗传算法的经典问题~哈哈~~我试着写了一个程序来解决。 ? ?????? 采用的策略是： 1.?????? 精英主义：每次有2个最优解直接进入下一代。 2.?????? 轮盘赌选择生育：每次对每一代的个体进行一次轮询，如果不适应度<某个随机数，那么选择这个个体进行生育。 3.?????? 单性繁殖：因
基因组互补序列 (2)
- 计算基因组互补序列 用于计算基因的互补序列，附有序列文件可以验证(calculate the complete sequence of genome)
bowtie2_PE_pipeline.pl
- 将配对末端序列比对到参考基因组，并以SAM格式输出比对结果，解析比对结果，获得正确比对的序列信息。(map paired-end reads to reference using bowtie2, output mapped reads in SAM file and then parse mapping results)
liftOver
- 用于基因组不同版本之间的转换，例如hg19转换为hg18.反之亦然(used for the genome transfer)
R and BIOCONDUCTOR
- R语言及BIOCONDUCTOR在基因组分析中的应用(Application of R and BIOCONDUCTOR in genome analysis)
Easyfig-master
- Easyfig为数据基因组比对强大理软件，日常学习工作必需(Easyfig is an powerful image processing software during analyzing bioinformatics)