CAUSA: 基于密码子-氨基酸联合序列比对构建高精确度分子进化树 生物信息学、基因组学（包括功能基因组学和比较基因组学）的主要目的是研究生物基因、蛋白和基因组的结构和功能，并重构生物基因、蛋白和基因组的进化历史。多序列比对（multiple sequence alignment, MSA)是DNA和蛋白质分子进化分析、以及结构与功能研究的基本工具。目前多序列比对已经有很多方法，如clustalw, MUSCLE, MAFFT, T-Coffee, PRANK，等等，但序列比对依然容易产生系统性

经典生物信息学多序列比对工具clustalw，采用Feng-Dolittle渐进比对算法,Classic bioinformatics tools for multiple sequence alignment clustalw, using Feng-Dolittle progressive alignment algorithm

Java语言编写的生物信息学综合工具软件，它提供了一个统一的界面调用ncbi-blast、clustalw、几个phylip程序、chromtree和treeview 程序，还提供了多序列比对编辑等其他功能。需要安装Java环境、biojava 1.4p1，2.6M，及以上各个独立程序。-Written in Java language integrated bioinformatics tools, which provides a unified interface called ncbi-