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文件名称:script1.tar

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  • 上传时间:
    2014-09-02
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    5.62kb
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A:mkdatabas0.cpp 做blast前对大的非冗余NR或者是uniref数据库的预处理。为每条序列计算出等长的(长度为20*19/2=210)的数值数组。用来后期比较各个序列间的距离做准备。

B:mkdatabas.cpp 是通过比较要blast对象的那条序列和reference序列的距离,提出距离过远序列。用得到的新数据库做blast。

C:dl_fa.pl程序比较简单,但很实用,可以批量的从网站下载想要的fasta序列

D:scop40_pdbFold.pl里面内容比较丰富,批量做两两序列的比对,根据比对结果处理dssp文件

E:专门针对蛋白二级结构固定的格式文件即DSSP文件所设计的一个脚本。可以根据自己的需要调节数组,选取想要的内容。并做其他操作,比如本脚本就是和一级序列比对(即needlman)结果结合的一个脚本。-To join this site, I put effort to share to you, are absolutely original! A: mkdatabas0.cpp do before blast pretreatment on large non-redundant NR or uniref database. Calculated for each sequence of equal length (a length of 20* 19/2 = 210) of the array of values. Used to compare the distance between each sequence between late to prepare. B: mkdatabas.cpp is by comparison to the distance blast piece sequences and reference sequences of objects, the proposed distance is too far sequence. Do with the new database blast obtained. C: dl_fa.pl procedure is relatively simple, but very practical, you can batch download from the Web site you want fasta sequence D: scop40_pdbFold.pl which is rich in content, bulk do pairwise sequence alignment, according to the results of treatment than dssp file E: That is a scr ipt file DSSP designed specifically for protein secondary structure fixed format files. The array can be adjusted according to your needs, select the desired content. And do other opera
(系统自动生成,下载前可以参看下载内容)

下载文件列表

script1/scop40_pdbFold.pl
script1/dl_fa.pl
script1/
script1/secStruct.pl
script1/mkdatabas.cpp
script1/mkdatabas0.cpp

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