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search_genome
- 一个自制的生物信息学程序。 这个程序目的是在基因组文件bsubt168_whole.nuc(部分)中查找设置文件ss.ini所记录的短核苷酸序列CTTAAG(这种短核苷酸一般称寡核苷酸)及其互补序列在该基因组的每10000个碱基中出现的次数。 程序先将碰到的寡核苷酸及其互补序列的位置保存在临时文件ss.tmp中,然后利用这个文件统计每10000个碱基中它们的出现次数并记录在ss.csv中(可用excel打开)。如果某10000个碱基中的出现次数为0,则不被记录。
new
- Bowtie比对结果进行聚类,然后该程序完成提取聚类中与基因组错配碱基位点的A、T、C、G碱基的覆盖情况-Bowtie than clustering the results, and then extract the clustering process is complete mismatch with the genomic base sites A, T, C, G bases coverage
mathematical-modeling-problem
- 2014“深圳杯”数学建模夏令营B题 基因组组装 将读长序列组装成基因组,能较好地解决测序中可能出现的个别碱基对识别错误、基因组中存在重复片段等复杂情况.-2014 Shenzhen Cup Mathematical Modeling Camp B title Genome assembly Assembled into the read length genomic sequence, preferably the nucleotide sequence of the