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- 实现了基因组的显示功能，主要在jsp后台进行的运算，并且将基因，操纵子，代谢通路等信息进行了显示-realized Genome display function, mainly in the background jsp operations, and will genes, operon, metabolic pathways, and other information for the show
DNAT1
- 生成模拟基因组数据文件的程序。比通常的方法更好生成随机数的方法。结果记录到磁盘文件；本程序是用于比较人类基因组与随机产生的模拟基因序列的信息冗余度。
search_genome
- 一个自制的生物信息学程序。 这个程序目的是在基因组文件bsubt168_whole.nuc（部分）中查找设置文件ss.ini所记录的短核苷酸序列CTTAAG（这种短核苷酸一般称寡核苷酸）及其互补序列在该基因组的每10000个碱基中出现的次数。 程序先将碰到的寡核苷酸及其互补序列的位置保存在临时文件ss.tmp中，然后利用这个文件统计每10000个碱基中它们的出现次数并记录在ss.csv中（可用excel打开）。如果某10000个碱基中的出现次数为0，则不被记录。
batchDnaWalk
- 生物信息学实用工具 批量绘制DNAWalk图形的Perl程序源码 内含使用说明 用基因组DNA序列批量绘制DNAWalk。
afm
- 功能: 得到x[0..len-1]字串的计数存放的地址 分析一个基因组的程序
GA
- 在自然界中生物从其亲代继承特性或性状，这种现象称为遗传（Heredity），研究这种现象的科学叫遗传学（Genetics）。 在构成生物的细胞（Cell）中含有染色体（Chromosome），生物的遗传信息都包含在染色体中。遗传信息由基因（Gene）组成，基因是DNA（Deoxyribonucleic Acid）或RNA（Ribonucleic Acid）中占有一定位置的基本遗传单位。在DNA中遗传信息在长链上按照一定模式排列，即进行了遗传编码。遗传基因在染色体中占据的位置称为基因座（Loc
bioinformatics by Baxevanis 中文版
- 随着人类基因组计划的实施，通过基因组测序，蛋白质序列测定结构解析等实验，分子生物学家提供了大量的有关生物分子的原始数据，需要利用现代计算技术对这些原始数据进行收集、整理、管理以便于检索使用。而为了解释和理解这些数据，还需要对数据进行比对、分析，建立计算模型，进行仿真、预测与验证，因而出现生物信息学，它的出现，极大的促进了分子生物学的发展。-With the human genome project implementation, through genome sequencing, protei
GSP: genome size predictor
- 一个 预测基因组大小的开源软件
CAUSA
- CAUSA: 基于密码子-氨基酸联合序列比对构建高精确度分子进化树 生物信息学、基因组学（包括功能基因组学和比较基因组学）的主要目的是研究生物基因、蛋白和基因组的结构和功能，并重构生物基因、蛋白和基因组的进化历史。多序列比对（multiple sequence alignment, MSA)是DNA和蛋白质分子进化分析、以及结构与功能研究的基本工具。目前多序列比对已经有很多方法，如clustalw, MUSCLE, MAFFT, T-Coffee, PRANK，等等，但序列比对依然容易产生系统性
GEP
- 基因表达式程序设计（Gene Expression Programming，GEP）是葡萄牙科学家Câ ndida Ferreira于1999年发明的一种基于基因组(Genome)和表现型组(Phenome)的新的遗传算法。 -Gene Expression Programming (Gene Expression Programming, GEP) is a Portuguese scientist Câ ndida Ferreira invented in 1999, b
new
- Bowtie比对结果进行聚类，然后该程序完成提取聚类中与基因组错配碱基位点的A、T、C、G碱基的覆盖情况-Bowtie than clustering the results, and then extract the clustering process is complete mismatch with the genomic base sites A, T, C, G bases coverage
coe
- 单核苷酸多态性(SNPs)数据与全基因组关联研究 COE:凸优化的上位性检测算法 -Single nucleotide polymorphisms (SNPs) data and genome-wide association study COE: convex optimization epistasis detection algorithm
BioinformaticsToolbox3.2
- 为用户提供了一个开放的、可扩展的环境，用于在药品研究、遗传工程和其他与基因组、蛋白质等相关的项目中进行原型算法的开发以及应用。-Bioinformatics Toolbox™ offers computational molecular biologists and other research scientists an open and extensible environment in which to explore ideas, prototype new algorithms, a
soap_all_hit_all_output_gff3new
- 将二代高通量测序数据通过soap映射到基因组获得所有映射位点，此脚本解析映射数据，输出GFF3格式。-Will the second generation high-throughput sequencing data obtained by soap mapped to genome mapping sites, this scr ipt all analytical mapping data, output GFF3 format.
Rearrangement-Algorithm
- 基因组重构是改变基因在基因组中排列顺序的生物过程,可归结为三种主要操作:移位、反转和转位。重组距离即从一个基因组转化为另一个基因组所需的最少重组次数。双重基因组中每条染色体都是成对出现的。双重基因组重构问题,即要求计算一个与给定基因组移位距离最短的双重基因组。对于该问题,Nadia El-Mabrouk等人给出了一个多项式时间算法。本文利用Delphi集成开发环境,将该算法实现为双重基因组重构软件:(1)设计了优化的数据结构 (2)给出了详细的实现方法。(3)调试验证了算法的正确性。 本文首先介
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- 澳洲淡水鳄线粒体基因组全序列的测定及结构分析.-failed to translate failed to translate
Community
- 宏基因组分类程序，专门针对测序深度比较浅的情况，而且短串的分类-Metagenomic binning
基因组资源
- 植物基因组蛋白质染色体资源网站、序列下载、转录组资源下载
genome_statistic
- 真菌，细菌，动植物基因组组装结果评价程序，非常实用(Genome assembly stats)
基因组互补序列 (2)
- 计算基因组互补序列 用于计算基因的互补序列，附有序列文件可以验证(calculate the complete sequence of genome)