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搜索资源 - blast sequence alignment
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blast是目前进行生物序列比对的经典软件,本书介绍了blast的基本原理。-Blast is present in biological sequence alignment of the classic software, this book introduces the basic principle of blast.
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生物学序列比对软件,与blast相比能容许gap的存在,寻找SV的利器!-Biological sequence alignment software, compared with the blast to allow the existence of gap to find the SV tool!
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Java语言编写的生物信息学综合工具软件,它提供了一个统一的界面调用ncbi-blast、clustalw、几个phylip程序、chromtree和treeview 程序,还提供了多序列比对编辑等其他功能。需要安装Java环境、biojava 1.4p1,2.6M,及以上各个独立程序。-Written in Java language integrated bioinformatics tools, which provides a unified interface called ncbi-
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可以用来进行DNA翻译,序列比对,限制酶消化,提交序列进行BLAST,研究项目管理等。提供Jellyfish 1.3的中文使用说明。
-Use, DNA can be translated, sequence alignment, restriction enzyme digestion and sequence submitted to BLAST, research project management. Provide Jellyfish 1.3 instructions in Chi
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DNA sequence and animo acid sequence alignment using FASTA, BLAST.
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blast序列比对算法的一个简单java实现-sequence alignment blast
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本文详细介绍了目前通用的NCBI中blast生物序列比对软件的用法。-This paper introduces the current general NCBI blast biological sequence alignment software usage.
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为了加入这个网站,我把心血分享给大家,绝对都是原创!
A:mkdatabas0.cpp 做blast前对大的非冗余NR或者是uniref数据库的预处理。为每条序列计算出等长的(长度为20*19/2=210)的数值数组。用来后期比较各个序列间的距离做准备。
B:mkdatabas.cpp 是通过比较要blast对象的那条序列和reference序列的距离,提出距离过远序列。用得到的新数据库做blast。
C:dl_fa.pl程序比较简单,但很实用,可以批量的从网站下载想要的fasta序
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